Namun menurut Gus Dur, kisah tersebut hanyalah sebuh kiasan.
Makna dibalik rakit Joko Tingkir didorong 40 ekor buaya, adalah sebuah perumpamaan karena ia tak bisa kembali lagi merebut Kesultanan Pajang.
Jika Joko Tingkir lompat dari rakit untuk kembali ke Kesultanan Pajang, maka ia akan dihabisi 40 ekor buaya.
Artinya, Joko Tingkir tak mungkin bisa mengalahkan Sutowijoyo yang bergelar Panembahan Senopati.
Maka dari itu, Joko Tingkir memilih jalan hidup yang baru, dan mendirikan pondok pesantren hingga akhir hidupnya.
Begitulah kisah Joko Tingkir dan 40 ekor buaya, yang ternyata hanya sebuh kiasan.***